Akreditasi merupakan suatu pengakuan yang diberikan oleh lembaga eksternal (Komisi Akreditasi Kementerian Kesehatan) terhadap hasil penilaian kesesuaian proses dengan standar yang berlaku.

Kota batam sudah memulai proses pengenalan akreditasi puskesmas mulai dari sosialisasi pelaksanaan akreditasi sejak tahun 2015 yang diadakan oleh Dinas Kesehatan Provinsi Kepri. Pada  tahun 2016, Dinas Kesehatan kota Batam mengadakan Pendamping yang sudah dilatih untuk mendampingi Puskesmas yang akan dipersiapkan untuk akreditasi serta melakukan Pelatihan-pelatihan di lingkungan Dinas Kesehatan Kota Batam sendiri dengan menghadirkan Pembicara/Narasumber sesuai dengan kebutuhan untuk menunjang pengetahuan pesertanya. Terdapat tingkatan penilaian Akreditasi Puskesmas, pengelompokkannya dari yang terrendah ke yang tinggi yaitu : Tidak Terakreditasi, Dasar, Madya, Utama, dan Paripurna. Tingkatan ini berdasarkan pencapaian yang didapatkan oleh Puskesmas yang bersangkutan dari hasil survey Akreditasi selama 3 hari di Puskesmas tersebut.

Pada Bulan April 2017, Puskesmas Sekupang merupakan puskesmas pertama di Kota Batam yang dilakukan survey akreditasi dan mendapatkan hasil sertifikasi Madya. Selanjutnya ditahun yang sama, ada dua buah puskesmas yang merupakan hasil road map dari Kementerian kesehatan yang juga dilakukan penilaian akreditasi, antara lain Puskesmas Sei.Pancur dan Puskesmas Sei.Panas. dan hasil penilaian akreditasi kedua puskesmas tersebut juga mendapatkan sertifikasi Madya seperti puskesmas pendahulunya. Dalam proses maupun hasilnya, ini merupakan pencapaian yang bagus untuk Kota Batam karena dalam lingkup Provinsi Kepri, masih dalam katagori baik.

Pada tahun 2018, dari 12 puskesmas yang direncanakan akan dilakukan survey akreditasi, dalam pelaksanaannya terlaksana 100%. Dan hasilnya juga mengalami peningkatan, dari 12 Puskesmas yang dilakukan survey hanya 2 puskesmas yang mendapatkan sertifikasi Madya (Puskesmas Bulang dan Puskesmas Sambau). Selebihnya, 10 Puskesmas terakreditasi Utama, antara lain: Puskesmas Tiban Baru, Sei.Langkai, Botania, Baloi, Batu Aji, Kabil, Galang, Sei. Lekop, Belakang Padang, dan Lubuk Baja. Keberhasilan ini merupakan pencapaian yang sangat baik untuk Kota Batam, mengingat jika Puskesmas sudah diberikan sertifikasi maka Puskesmas tersebut akan bertanggung jawab untuk mempertahankan dan bahkan meningkatan mutu pelayanan baik secara administrasi maupun secara pelaksanaan kegiatan dengan maksud untuk memberikan kepuasan kepada penerima layanan melalui pelayanan yang bermutu. Dan harapannya dengan banyaknya hasil Utama yang diraih oleh Puskesmas di Kota Batam, menjadikan Kota Batam sebagai tempat tujuan kaji banding/ pembelajaran bagi daerah diluar Batam untuk mengunjungi kota Batam dan meningkatkan pendapatan daerah.

Pada tahun 2019, ada 5 Puskesmas lagi di Kota Batam yang akan dilakukan penilaian, antara lain Puskesmas Tanjung Sengkuang, Puskesmas Tj.Buntung, Puskesmas Tj.Uncang, Puskesmas Rempang Cate dan Puskesmas Kampung Jabi. Dua diantaranya merupakan puskesmas lama dan tiga sisanya merupakan puskesmas yang baru berdiri dalam 2 tahun terakhir. Jika mengacu dari hasil pencapaian yang signifikan dari tahun ke tahun, besar harapan untuk meraih predikat Akreditasi Paripurna, mengingat pengalaman, pengetahuan dan sarana prasarana di puskesmas yang semakin meningkat.